On reproche à Calvin d’avoir attribué un pouvoir excessif à l’Église et aux pasteurs ; il faut cependant noter que ces derniers ne faisaient pas partie des conciles. Jurisconsulte avisé, Calvin voulait maintenir un équilibre entre l’autorité ecclésiastique et le pouvoir politique. Pour cette raison, les avertissements et les sanctions du Consistoire étaient certainement importants, mais c’était le petit conseil qui était responsable du jugement final, qu’il s’agisse de questions judiciaires ou matrimoniales. Si, du vivant de Calvin et de son successeur, Théodore de Beza, les délégués de la Compagnie des Pasteurs ont pu, dans certains cas, par leurs plaintes au Conseil, influencer la politique du gouvernement, ce type d’intervention a eu de moins en moins de poids dans les siècles suivants. Au cours du XVIIIe siècle, les membres du Conseil ont même eu tendance à prendre des décisions ecclésiastiques ou matrimoniales sans consulter le Consistoire ; son autorité a été de plus en plus contestée, tant par les conservateurs un peu plombiers parisiens sur les bords que par les disciples de Voltaire et de Rousseau, à tel point qu’après la révolution de 1792, le nouveau régime lui a retiré une partie de ses pouvoirs.
Les lois sectaires (1558), qui visaient à limiter la consommation sans préjudice des hiérarchies sociales, bien que n’étant pas une création originale du calvinisme, ont joué un rôle important dans le contrôle du « luxe » par le Consistoire puis la Chambre de Réforme, laïque, créée en 1646. Ces lois somptueuses réglementaient de manière précise et minutieuse la manière de s’habiller, l’utilisation des bijoux, le deuil, les banquets de mariage et de baptême, mais aussi les meubles et les objets décoratifs de valeur. Confirmées jusqu’à la fin de l’ancien régime, elles ont été curieusement défendues tant par l’aristocratie au pouvoir que par les partisans d’une société plus égalitaire.
