Les habitants de la campagne, soumis à l’évêque, au chapitre ou au prieuré de Saint Victor, ne bénéficiaient pas des droits accordés aux habitants de la ville par la carte de franchise de 1387. Les règlements de police promulgués en 1469 par l’évêque Gianluigi de Savoie pour les habitants des mandements ne pouvaient en fait pas être définis comme des cartes d’exemption ; leurs institutions communautaires étaient réduites à certaines associations de paroisses. Les territoires soumis à S. Vittore suivaient les coutumes légales (coutume) du comté de Genève. Cependant, à partir du milieu du XIVe siècle, dans certains villages du prieuré, des communautés d’habitants se définissent principalement pour que la corvée soit prêtée en commun dans les domaines seigneuriaux, en échange d’une forêt ou d’un pâturage ou de terres à glands. Les conditions des paysans sont décrites dans les registres féodaux ou dans les inventaires de biens : certains étaient serfs (hommes-liges) et tenus de payer un recensement ; d’autres étaient libres et tenus au même paiement ; d’autres encore étaient libres sans censure. Dans les territoires soumis à l’évêque, les devoirs militaires des uns et des autres étaient décrits en détail sans faire de voyance : dans le Mandement de Peney, par exemple, chaque feu devait fournir un homme, appelé client et équipé de son matériel militaire, à la simple demande du seigneur du château ; à ses frais, il devait fournir des soldats pour la milice à l’intérieur du château, tandis que celui qui opérait à l’extérieur était à la charge de l’évêque. Les villageois devaient assurer la protection de la forteresse et du village ; à Jussy, seuls les habitants soumis au paiement de la prime étaient tenus de participer aux travaux de fortification, notamment en érigeant des palissades devant les fossés.
Dans les villages qui dépendaient du chapitre ou de S. Vittore, les droits de la justice étaient divisés entre le seigneur ecclésiastique et le comte de Genève : alors que le premier avait le droit de prononcer le jugement et la sentence de mort ou de mutilation, c’était le second, un prince laïc, qui, pour des raisons canoniques, devait exécuter les sentences. Cela lui a en fait donné un droit de grâce, qui est ensuite devenu le droit de juger en appel. Cette situation est restée inchangée même après la Réforme et la sécularisation des biens de ces seigneuries au profit de la ville de Genève, qui n’avait cependant que les droits de basse justice dans ces territoires, alors que ceux de haute justice et de jugement en appel étaient l’apanage de la ville de Berne puis (après 1564/1567) du duc de Savoie.
La situation militaire dans ces villages a également fait l’objet de protestations. En 1295 et 1336, par exemple, deux traités entre le comte de Genève et le chapitre précisent la notion de « défense commune de la patrie ». Bien que la haute et la basse justice sur ces villages appartenaient au chapitre, le comte avait le droit d’enrôler des troupes à l’intérieur du comté pour défendre ses forteresses si les villages étaient assiégés par un seigneur ; dans les villages du prieuré de S. Vittore, au contraire, selon un accord de 1302 entre le prieur et le comte, seul le premier avait le droit d’enrôler des soldats à cheval pour défendre ses possessions.